يسعى فرع الطب الباطني لأن يكون رائدا بين الفروع العلمية لكليات الطب في المنطقة من حيث المستوى الأكاديمي للكادر التدريسي ومن حيث الإعداد العلمي و المهني لطلبة الدراسات الأولية و الدراسات العليا

تأسس فرع الطب الباطني في العام 1980 و تناوب على رئاسته كل من الدكتور عزيز صالح ,  الدكتور أمين السادن,  الدكتور فضل عباس, الدكتور حسين الجنابي, الدكتور فارس عبد الكريم , الدكتور صادق المحنة و حاليا الدكتور صفاء علي خضير
يقوم الفرع بتدريس طلبة كلية الطب من المرحلة الثالثة و حتى المرحلة السادسة و بما يؤهلهم لنيل شهادة البكالوريوس في الطب يمنح الفرع شهادة الدبلوم العالي في الطب الباطني منذ العام 1986 . كما يقوم الفرع بتدريب طلبة المجلس العراقي للاختصاصات الطبية في مركز الكوفة التدريبي منذ العام 2003 و يشارك الفرع في تدريب طلبة المجلس العربي و هناك مشروع منح شهادة الماجستير في الطب قيد الدراسة
يتولى رئاسة الفرع منذ 1-10-2009  الدكتور  صفاء علي خضير , حاصل على شهادة البكالوريوس في الطب و الجراحة العامة من كلية الطب- جامعة الكوفة في عام 1989 و شهادة الدبلوم العالي في الطب الباطني من كلية الطب- جامعة بغداد في عام 1996  و شهادة البورد (الدكتوراه) من  الهيئة العراقية للاختصاصات الطبية في عام 1996. حاصل على لقب أستاذ مساعد في عام 2001  و لقب طبيب استشاري في عام 2009